Isabel I, casada con Fernando de Aragón subió al trono en 1474, tras la muerte de Enrique IV. Sin embargo, nada más comenzar su reinado tuvo que hacer frente a una guerra civil contra su sobrina Juana, hija de Enrique IV, que se prolongó a lo largo de cuatro años (1475-1479). Este fue un conflicto que afectó a todo el reino castellano, ya por su extensión territorial como por su influencia en todos los estratos sociales –especialmente en la nobleza-; pero también a los reinos vecinos, ya que Portugal apoyo a Juana y Aragón a Isabel.
Tras unos comienzos favorables a la causa de Juana, el bando isabelino logró cambiar la situación de la guerra tras su victoria en la batalla de Toro (1476). Después de estos hechos la mayoría de los grandes nobles se adhirió a la causa de Isabel, lo que con el tiempo acabó facilitando la derrota de los portugueses; confirmada en los tratados de Alcaçovas. En virtud de estos acuerdos, además del reconocimiento portugués de Isabel como reina de Castilla, se concertaron varios compromisos matrimoniales entre ambos reinos. De esta manera, se inició en este reino una etapa de clara estabilidad que se prolongó hasta la muerte de la reina en 1504.
En lo que se refiere a la estructura del Estado, durante la etapa isabelina asistimos a un fortalecimiento de los mecanismos judiciales y administrativos. Las Cortes, a pesar de que se reunieron muy poco a lo largo de este reinado, tuvieron una gran importancia en los inicios del mismo, marcado por las reuniones de Madrigal (1476) y Toledo (1480). El Consejo Real, liberado del peso de los distintos bandos nobiliares, continuó siendo el principal órgano político del Estado, aunque funcionó de una manera más profesionalizada gracias a la reorganización administrativa llevada a cabo por las Cortes de 1480.
Por su parte, la centralización de la administración de justicia estuvo marcada por la reorganización y consolidación del sistema de Audiencias y Chancillerías, donde los pleitos eran divididos entre criminales y civiles antes de pasar a manos de los alcaldes y oidores.
La Hacienda siguió asentándose en los mismos impuestos que los reinados anteriores; hasta el punto de que, el creciente peso que en aquellos habían tenido las alcabalas, continuó aumentando. No obstante, la etapa isabelina también tuvo sus innovaciones fiscales, como fueron el sistema recaudatorio de encabezamiento, o la utilización de la Santa Hermandad para tal fin. Esta organización, fundada en 1476 con el fin de asegurar el orden público, adquirió, especialmente tras perder su carácter militar, funciones de recaudación fiscal.
Hemos de destacar dos factores fundamentales para entender la estabilidad reinante durante este periodo: los aciertos en política económica y el amplio apoyo social a los monarcas. En lo relativo a este último punto hemos de destacar que todos los grupos sociales se mostraron favorables a los reyes: la nobleza por la confirmación real de sus posesiones señoriales, la oligarquía urbana por el respeto de la Corona hacia sus privilegios, y las capas populares por la eficacia que mostraba el gobierno en las labores administrativas y judiciales. Además, a lo largo de buena parte de su mandato, los Reyes Católicos utilizaron en su favor un complejo, para esa época, aparato propagandístico, mediante el que supieron mostrar sus triunfos más de cerca de sus súbditos.